A principal diferença é a diferença no material ativo. O material ativo da bateria secundária é reversível, enquanto o material ativo da bateria primária não é reversível. A autodescarga da bateria primária é muito menor que a da bateria secundária, mas a resistência interna é muito maior que a da bateria secundária, portanto a capacidade de carga é menor.
Além disso, a capacidade específica de massa e a capacidade específica de volume da bateria primária são maiores do que as baterias recarregáveis gerais.
